มหาวิทยาลัยขอนแก่น มีพัฒนาการด้านการประกันคุณภาพการศึกษามาอย่างยาวนานและต่อเนื่องจนเป็นที่ยอมรับว่า “มหาวิทยาลัยขอนแก่น เป็นผู้นำด้านการพัฒนาระบบการประกันคุณภาพการศึกษาที่เข้มแข็ง” โดยมีการดำเนินการอย่างต่อเนื่องตามแนวทางของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา พัฒนาการ “ด้านการประกันคุณภาพสู่การพัฒนาที่เป็นเลิศ” ได้เริ่มขึ้นตั้งแต่ปีการศึกษา 2539 ซึ่งเป็นการเตรียมความพร้อมในด้านแนวปฏิบัติที่เกี่ยวข้อง และได้เริ่มตรวจประเมินคุณภาพการศึกษาภายใน “ครั้งแรกในปีการศึกษา 2540” และตรวจคุณภาพการศึกษาครั้งที่ 2 ในปีการศึกษา 2544 และปีการศึกษา 2546 ซึ่งดำเนินการทุก 2 ปี (2 Year Cycle) เป็นลักษณะของการตรวจสอบรายการ หรือ “Check list” ว่ามีการดำเนินงานครบถ้วนตามเกณฑ์หรือไม่อย่างไร

ปีการศึกษา 2546  มหาวิทยาลัยได้เริ่มพัฒนาตัวชี้วัดและเกณฑ์การประเมินคุณภาพภายในของมหาวิทยาลัยเพื่อให้สอดคล้องกับบริบทของมหาวิทยาลัยและคณะ จำนวน 7 องค์ประกอบ  47  ตัวชี้วัด และประกาศใช้ในปีการศึกษา 2547 เรื่อยมาจนถึง ปีการศึกษา 2549

ปีการศึกษา 2549 มหาวิทยาลัยได้เริ่มพัฒนาระบบการประกันคุณภาพที่บูรณาการเข้ากับเกณฑ์คุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ หรือ  PMQA (Public  Sector management Quality Aword) ซึ่งเป็นปีแรกที่มหาวิทยาลัยได้มีการจัดทำคำรับรองการปฏิบัติราชการระหว่างอธิการบดีมหาวิทยาลัยขอนแก่นกับเลขาธิการสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา เพื่อเป็นการพัฒนาและยกระดับระบบราชการไทยโดยสำนักงานพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร) (คู่มือการประกันคุณภาพมหาวิทยาลัยขอนแก่น ปีการศึกษา 2549) โดยกำหนดตัวชี้วัดให้สอดคล้องกับ หมวด 7 ผลลัพธ์การดำเนินการตามเกณฑ์ PMQA  ประกอบด้วยตัวชี้วัดระดับคณะ จำนวน  67 ตัวชี้วัด ระดับหน่วยงานสนับสนุนจำนวน 26 ตัวชี้วัด และดำเนินการเรื่อยมาจนถึงปีการศึกษา 2552

ปีการศึกษา 2553 สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาได้ประกาศใช้เกณฑ์คุณภาพการศึกษาเพื่อการดำเนินการที่เป็นเลิศ (ฉบับปี 2552-2553) เพื่อมุ่งหวังจะยกระดับคุณภาพการศึกษาอุดมศึกษาไทยให้ทัดเทียมและเป็นที่ยอมรับระดับสากลมาเป็นกรอบในการดำเนินการบริหารจัดการสถาบันอุดมศึกษาให้คุณภาพ   โดยมหาวิทยาลัยเริ่มเรียนรู้และประยุกต์ใช้เกณฑ์ดังกล่าวโดยการวิเคราะห์โครงร่างองค์การและติดตามผลลัพธ์การดำเนินงาน

ปีการศึกษา 2558  สภามหาวิทยาลัยมีนโยบายให้ใช้เกณฑ์รางวัลคุณภาพด้านการศึกษาเพื่อการดำเนินการที่เป็นเลิศ (Education Criteria for Performance Excellence: EdPEx) ในระดับสถาบันและระดับคณะ (ระดับหลักสูตรกำหนดให้ใช้เกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรหรือเกณฑ์อื่นที่สามารถเทียบเคียงได้ในระดับสากล) จึงเป็นการเริ่มต้นการพัฒนาคุณภาพการศึกษาอย่างจริงจัง โดยมีการจัดทำแผนกลยุทธ์ด้านการพัฒนาคุณภาพสู่ความเป็นเลิศประกอบด้วย (1) การสร้างความรู้ความเข้าใจให้กับผู้บริหารทุกระดับ (2) การประเมินตนเองด้วยเกณฑ์ EdPEx  (3) การจัดทำแผนพัฒนาคุณภาพ (4) การเขียนรายงานการประเมินตนเอง (5) การตรวจประเมินคุณภาพภายในด้วยเกณฑ์ EdPEx (6) การแลกเปลี่ยนเรียนรู้

ปีการศึกษา 2559  มหาวิทยาลัยขอนแก่นได้ส่งเสริมและสนับสนุนให้คณะเข้าร่วมโครงการ EdPEx 200 ของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา รุ่นที่ 1 ถึงรุ่นที่ 10 ทำให้มีคณะที่ผ่านการพิจารณาได้เข้าร่วมโครงการ  13 คณะ

ปีการศึกษา 2561  มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้รับรางวัล Thailand Quality Class (TQC) “เป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกของประเทศที่ได้รับรางวัลนี้ในระดับมหาวิทยาลัย” หลังจากนั้นก็ได้มีส่งเสริมและสนับสนุนให้คณะที่ผ่าน EdPEx 200 สมัครขอรับรางวัลด้วยเช่นกัน ทำให้ในปี 2564 คณะแพทยศาสตร์ ได้รับรางวัล TQC  และคณะทันตแพทยศาสตร์  ได้รับรางวัล TQC Plus ด้าน People  และส่งผลให้ รศ.ดร.ทพญ.วรานุช ปิติพัฒน์ ซึ่งดำรงตำแหน่งคณบดีในช่วงนั้น ได้รับรางวัล Leadership Excellence Award  ประจำปี 2566 จากการคัดเลือกของคณะกรรมการรางวัลคุณภาพแห่งชาติ ภายใต้สถาบันเพิ่มผลผลิตแห่งชาติ โดยมอบให้แก่ผู้บริหารสูงสุดขององค์กรที่เป็นผู้ผลักดันให้องค์กรนำเกณฑ์รางวัลคุณภาพแห่งชาติไปใช้อย่างต่อเนื่อง เกิดผลการดำเนินงานที่เป็นเลิศ จนได้รับรางวัล Thailand Quality Class Plus  และตามมาด้วยคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้รับรางวัล TQC ในปี 2567 “นับว่าเป็นความสำเร็จของมหาวิทยาลัยขอนแก่นในการผลักดันให้เกิดการพัฒนาคุณภาพการศึกษาอย่างต่อเนื่อง”